Handel algorytmiczny wywodzi się ze stosunkowo prostych programów komputerowych, których podstawową funkcją był podział dużych zleceń na mniejsze - po to, aby móc je zrealizować w sposób optymalny. Rzecz jasna gwałtowny rozwój takich technik mógł nastąpić dopiero w latach 90-tych, gdy upowszechniły się zarówno komputery osobiste, jak i internet. Jednocześnie rynki (giełdowe i pozagiełdowe, jak np. forex) zaczęły funkcjonować w oparciu o zlecenia przesyłane drogą elektroniczną, powstały specjalne platformy do handlu etc. W tych realiach handel algorytmiczny przybrał postać automatów transakcyjnych, realizujących określone zlecenia kupna lub sprzedaży waloru w momencie, gdy na rynku spełnią się określone warunki. Algorytmy służące do tradingu często bazują na analizie ilościowej, tj. na poszukiwaniu hipotez statystycznych opisujących zależności występujące na rynku. Tego rodzaju algorytmy mogą wykorzystywać nawet bardzo złożone narzędzia z obszaru matematyki, w szczególności statystyki, analizy czy rachunku prawdopodobieństwa. Automatyczne systemy transakcyjne śledzą rynek, nieustannie sprawdzając panujące zależności. Gdy ceny danych instrumentów przekroczą odpowiednie poziomy (lub np. ustalą się pomiędzy nimi określone proporcje) program wygeneruje odpowiedni sygnał inwestycyjny. W dzisiejszych czasach z handlu algorytmicznego mogą - wbrew pozorom - korzystać nie tylko wielkie banki, fundusze inwestycyjne czy hedgingowe, ale także inwestorzy indywidualni.